Le partenze vengono indicate in seguito al pagamento effettivo del soggiorno?

No.

Una persona non fa più “presenza” quando le fate il checkout dal soggiorno o quando emettete un conto (anche di scorporo) relativo ad essa.

Per capire immediatamente se sta ancora facendo presenza o meno vi basta guardare il suo periodo di soggiorno.
Se la data di partenza è blu (e non grigia) la persona ha effettuato il checkout e smette di fare presenza in struttura.

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